La visita pastoral del Obispo a su Diócesis es una obligación de éste, regulada en los códigos de Derecho Canónico de 1917 (numerales 343 al 346) y de 1983 (numerales 396 al 398). Este último código, actualmente vigente, prescribe que “el Obispo tiene la obligación de visitar la diócesis cada año total o parcialmente de modo que al menos cada cinco años visite la diócesis entera”, personalmente o por medio de un delegado (numeral 396.1). La misma regulación se encuentra en el código de 1917, señalándose en éste los fines generales de la visita del obispo a su diócesis, como “conservar la doctrina sana y ortodoxa, mantener las buenas costumbres…” (numeral 343.1).

Lo acontecido en el desarrollo de la visita queda registrado en los libros de visitas pastorales, que por tanto dan valiosas informaciones para el investigador sobre las iglesias y poblaciones visitadas desde mediados del siglo XIX (visitas de Mons. Llorente, I Obispo de San José) hasta la actualidad.

Contiene circulares del III Obispo de San José, Monseñor Stork, en los años comprendidos entre 1904 y 1908, tratando asuntos diversos, como: disposiciones generales del inicio del obispado; indulgencias relacionadas con el rezo del Rosario; la visita ad limina del Obispo de junio de 1905; la prohibición de realizar corridas de toros con el objeto de conseguir fondos para la construcción de templos; la solicitud de la Parroquia de Heredia para que sean nombrados al frente de la Iglesia del Carmen los Padres Capuchinos; la construcción de la Parroquia de Guadalupe; Visita Pastoral a las Parroquias; la orden de remitir a la Curia la descripción de los límites de los curatos y coadjutorías; el comunicado de la reducción de las fiestas de obligación en Costa Rica; el quincuagésimo aniversario de Pío X; y diligencias sobre matrimonios.

Muchos de los documentos son copias.

Contiene circulares de Antonio del Carmen Zamora como Vicario General de Monseñor Thiel y además como Gobernador Eclesiástico durante el exilio del prelado (1884-1886), abordando temas como su designación como Gobernador Eclesiástico; devoción del rezo del Rosario; adopción del catecismo oficial de la Diócesis y su compendio para niños; Jubileo Sacerdotal del Papa León XIII; instrucción de los niños en la doctrina cristiana; estadísticas sobre la administración de sacramentos, funciones y mayordomías; diligencias relativas al matrimonio; Hospicio de Huérfanos; construcción del Templo de la Soledad; Visita Pastoral del Obispo a los pueblos indígenas de Chirripó y Talamanca; enfermedad del Pbro. Domingo Rivas; elecciones presidenciales; conferencias eclesiásticas; periódico "La Unión Católica"; conflicto entre Costa Rica y Nicaragua.

Contiene circulares de Monseñor Thiel sobre diversos asuntos, tales como: construcción o reedificación de templos en Matina, Madre de Dios, Siquirres, Térraba y Boruca; consagración de la Diócesis al Sagrado Corazón de Jesús; una referencia a los temas tocados por el Arzobispo de Guatemala en su Carta Pastoral con el aviso de la próxima "Exposición Centro-Americana"; visitas pastorales; Capellanes del Ejército; terremoto de Nicaragua; viaje del Obispo al Concilio Plenario de América Latina celebrado en Roma; devoción del rezo del Rosario; incendio de la Iglesia Parroquial de Puntarenas; y ejercicios espirituales del clero.

Contiene circulares de Monseñor Thiel sobre asuntos diversos, como: El Jubileo extraordinario; el Sínodo Diocesano; la Encíclica del Papa León XIII con fecha del 29 de junio de 1881; el balance del año de 1881, con logros como el Sínodo, el Jubileo extraordinario y la evangelización a los pueblos indígenas en Talamanca, junto a las dificultades con el Gobierno y los periódicos oficialistas; balance del año 1882, destacando logros como la conclusión de las visitas pastorales a todos los territorios de la Diócesis, la creación del periódico "El Mensajero del Clero"; el matrimonio civil; el sacrilegio cometido en la Iglesia Parroquial de la Merced; invitación a los sacerdotes a medir sus palabras y escritos para evitar dificultades con el Gobierno; instrucciones a los sacerdotes para preparar las visitas pastorales, incluyéndose referencias al archivo parroquial y a los cementerios.

Contiene las circulares de Bruno Casasola como secretario del Gobierno Eclesiástico, con asuntos como: Suscripción al periódico "El correo español"; llegada desde California del vino para la Misa; circulación de periódicos que atacan a la religión Católica; el itinerario de las visitas pastorales que realizará Monseñor Thiel concluido su viaje a los pueblos indígenas; la conclusión de la impresión y encuadernación de las actas, estatutos y todo lo concerniente al I Sínodo costarricense.

Contiene las circulares de Vicente Herrera como colaborador del I Obispo de San José, Monseñor Llorente, entre ellas el comunicado del fallecimiento del I Vicario Capitular José Gabriel del Campo, la solicitud de oración debido a una epidemia que causa una gran pérdida de vidas humanas en 1863, una exposición de la obligación de todos los fieles a contribuir a que el censo civil se realice con la mayor exactitud, el anuncio del señor Obispo acerca de la programación de las Visitas Pastorales, las referencias a la propagación de una secta de masonería en Costa Rica, el anuncio de la retribución que se dará a los seglares que brindan sus servicios de forma gratuita a la Iglesia, el comunicado presentado por el Jefe de Policía informando el inconveniente de que los cadáveres de los fieles permanezcan expuestos por algún tiempo en las puertas de las Iglesias debido a la descomposición de los cuerpos a causa de las condiciones climáticas, generando epidemias en la población; la solicitud a los curas para la destrucción de un papel impreso con el título "Copia de una carta escrita por Nuestro Señor Jesucristo, etc.." , la solicitud del Obispo para respetar la infraestructura de los postes de telégrafo que van desde Cartago hasta Puntarenas, una solicitud a los curas para realizar un conteo de los matrimonios que se encuentran separados de hecho o legalmente en cada parroquia debido al creciente aumento de solicitudes de juicios de divorcio, así como temas relativos al matrimonio.

Contiene expedientes y solicitudes dirigidas a la Curia diocesana sobre variados asuntos.

Incluye informaciones sobre la conducta de distintos sacerdotes, el inventario de bienes de la ermita de San Juan de Turrialba correspondiente a 1899 (folio 15), una cuestión de límites entre las parroquias del Carmen de San José y Curridabat dirimida en la Curia diocesana (fs. 22-25), un proceso por matrimonio clandestino (fs. 48-55), los inventarios de los templos de Buenos Aires, Térraba y Boruca (fs. 142-150), una información sobre la aparición de imágenes en el Cerro Colorado de Sabana Grande, Parroquia de Nicoya (1896, 178-181), distintos documentos relacionados con la visita pastoral de Monseñor Bernardo Augusto Thiel, II obispo de San José, de 1898-1899 (fs. 188-202) y un expediente matrimonial de 1866 (fol. 266).

Contiene además documentos dejados por el difunto presbítero Domingo Rivas (fs. 223-328): Borradores referentes al presbítero Ramón Isidro Cabezas, a la construcción de la catedral y correspondencia recibida por el presbítero Rivas, entre otros.

Correspondencia recibida por Monseñor Bernardo Augusto Thiel, II Obispo de San José, y por su colaboradores de la Curia diocesana, durante los años 1880 a 1882, remitida por el clero de la diócesis, y en menor medida por particulares y autoridades civiles, principalmente sobre asuntos de administración parroquial.

Incluye los informes anuales sobre el estado moral y material de las parroquias de San Ramón (folios 369-372), Naranjo (fs. 373-375), La Merced (fs. 376-378), Alajuela (fs. 379-384), Desamparados (fs. 385-390) y Santa Cruz (fs. 391-392) correspondientes al año 1882; un poema impreso en tela dedicado a Thiel por los vecinos de Atenas con ocasión de su visita pastoral realizada en marzo de 1882 (fol. 178); y correspondencia recibida por Bernardo Augusto Thiel en Costa Rica durante los años anteriores a su nombramiento como obispo de San José (fs. 1 y siguientes).