Por la Bula Cristianae Religionis Autor, otorgada por el Papa Pío IX el 28 de febrero de 1850, se erige la Diócesis de San José de Costa Rica, sufragánea de la Arquidiócesis Metropolitana de Guatemala, abarcando todo el territorio del Estado de Costa Rica. Esta nueva diócesis heredó los fondos documentales de la Vicaría Foránea de Cartago, institución que bajo la dependencia del Obispo de León (Nicaragua) fue la cabeza de la iglesia en Costa Rica hasta 1850. La Diócesis de San José tuvo tres obispos: Anselmo Llorente y Lafuente (1851-1871), Bernardo Augusto Thiel (1880-1901) y Juan Gaspar Stork (1904-1920).
El 16 de febrero 1921 se erige la Provincia Eclesiástica de Costa Rica por la Bula Praedecesorum, del Papa Benedicto XV, que dividió el territorio de la antigua diócesis de San José en 3 partes: San José, ahora elevada al rango de Arquidiócesis, abarcando las provincias civiles de San José, Heredia y Cartago; la Diócesis de Alajuela y el Vicariato Apostólico de Limón. Paulatinamente fueron apareciendo nuevas Diócesis, con las consiguientes modificaciones de límites en las mismas, hasta la creación de la Diócesis de Cartago en el año 2005. Hasta el momento han sido arzobispos de San José: Rafael Otón Castro Jiménez (1921-1939), Víctor Manuel Sanabria Martínez (1940-1952), Rubén Odio Herrera (1952-1959), Carlos Humberto Rodríguez Quirós (1960-1978), Román Arrieta Villalobos (1979-2002), Hugo Barrantes Ureña (2002-2013) y el actual arzobispo de San José, José Rafael Quirós Quirós (2013-).
La Parroquia de San Rafael Arcángel en Oreamuno fue erigida a raíz del Primer Sínodo Diocesano, convocado por Monseñor Bernardo Auguto Thiel, II Obispo de San José, el 3 de julio de 1881, celebrado entre el 24 y el 26 de agosto y promulgado el 25 de noviembre de ese año. Concretamente, en el punto VIII del capítulo IV de sus estatutos sinodales se lee: "Todas las Parroquias filiales se erigen por este decreto en Parroquias independientes...".
En el libro VI de Bautismos de San Rafael de Oreamuno, en él inicio de la página 76, el sacerdote encargado de la nueva parroquia, José de Jesús Méndez, dejó constancia de la decisión adoptada en el sínodo: "San Rafael de Cartago a veinte y siete de agosto de mil ochocientos ochenta y uno. Según el Santo Concilio de esta Diócesis esta filial ha sido elevada a la categoría de Parroquia y para que conste lo firmo. José de Jesús Méndez [rubricado]".
San Rafael fue filial de la Parroquia de Cartago desde mediados del siglo XIX hasta 1881. Sus libros sacramentales comienzan en el año 1861.
El 21 abril 1944 el Sr. Arzobispo Mons. Víctor Sanabria Martínez, da el decreto de erección de la Parroquia Dulce Nombre de Jesús, Tierra Blanca, Cartago, a partir de territorios antes pertenecientes las parroquias de San Rafael de Oreamuno y de Cartago, señalando como fecha de inauguración el 30 abril 1944 (Libro de Acuerdos Nº 11, folio 139, asiento 67).
El Templo fue consagrado por el Sr. Arzobispo Mons. Román Arrieta Villalobos el 22 febrero 1982.
El 2 abril 1908 Mons. Juan Gaspar Stork, II Obispo de San José, erigió los distritos de Pacayas y Cervantes en Coadjutoría Territorial de la Parroquia de San Rafael de Oreamuno (Libro de Acuerdos Nº 8 folio 224 asiento 26).
Pacayas fue erigida en Parroquia en el Segundo Sínodo Diocesano, celebrado los días 24 a 29 de enero de 1910 y promulgado por Monseñor Stork el 19 de marzo de ese año (capítulo X, canon 55).
El Templo fue consagrado por Mons. Román Arrieta Villalobos, V Arzobispo de San José, el 21 abril 1985.
El 24 agosto 1964 Monseñor Carlos Humberto Rodríguez Quirós, IV Arzobispo de San José, dio el decreto de erección de la Parroquia San Francisco Javier en Cervantes (Cartago), a partir de los distritos de Cervantes, hasta entonces perteneciente a la parroquia del Sagrado Corazón de Jesús de Pacayas, de Santiago, perteneciente a la Parroquia de Paraíso, y el caserío de Las Mesas, perteneciente a Juan Viñas (Libro de Acuerdos Nº 13 folio 95 asiento 32).
El Templo fue consagrado el día 3 diciembre 1989 por el Sr. Arzobispo Mons. Román Arrieta Villalobos.
En el año 1706 se levantó una ermita en el lugar llamado "Alvirilla" para dar servicio a los habitantes de los valles de Barva y Aserrí, ermita que en 1714 se trasladó al asiento de la actual ciudad de Heredia, constituyéndose en 1717 en Ayuda de Parroquia de Cartago. En el año 1734 esta filial de Cartago fue erigida en parroquia independiente.
El actual templo parroquial se empezó a construir en 1797. A mediados del siglo XIX fue objeto de reconstrucción a consecuencia del terremoto de 1851, siendo consagrado en 1880 por Luis Bruschetti, Administrador Apostólico de la Diócesis de San José.
El 5 enero 1897 Monseñor Bernardo augusto Thiel, II Obispo de San José, dio el decreto de erección de la Coadjutoria o ayuda de Parroquia del Barrio de San Pablo de Heredia, como filial de la Parroquia de Heredia (Libro de Acuerdos número 6, folio 337, asiento 6).
Fue erigida en Parroquia en el Segundo Sínodo Diocesano, celebrado los días 24 a 29 de enero de 1910 y promulgado por Monseñor Stork el 19 de marzo de ese año (capítulo X, canon 55, de los estatutos sinodales).
El Templo fue consagrado por el Monseñor Román Arrieta Villalobos, V Arzobispo de San José, el 29 agosto 1982.
En 1863 se construyó la primera ermita, que en 1866 fue ascendida a filial de la Parroquia de Heredia y eleva al rango de Parroquia el 3 julio 1886.
La construcción del actual templo neogótico es responsabiliad del Párroco Rosendo de Jesús Benavides y del arquitecto Lesmes Jiménez.
El Templo fue consagrado por Monseñor Carlos Humberto Rodríguez Quirós, IV Arzobispo de San José, el 25 febrero 1962, siendo Párroco el presbítero Miguel Ángel Arguedas Molina.
En el año 1829 se menciona la ermita de Santo Domingo.
Fue creada Parroquia el 23 agosto de 1854 por Monseñor Anselmo Llorente y Lafuente, I Obispo de San José.
El 23 julio 1891, Monseñor Bernardo Augusto Thiel, II Obispo de San José, consagró el templo y entregó el título de Basílica, título que debía ser renovado periódicamente (Fondos Antiguos, Caja 400A, fs. 5-6).
Desde inicios del siglo XIX, en el actual asentamiento del cantón de Desamparados, existió una población denominada Dos Cercas. Hacia 1821 ya tenía una ermita donde unos años mas tarde, por una donación del presbítero José María Esquivel, fue llevada una imagen de María bajo la advocación de Nuestra Señora de los Desamparados. Su devoción tuvo una gran acogida y pronto Dos Cercas pasó a llamarse Desamparados.
Este templo empezó a llevar libros sacramentales desde 1825 como filial de San José. En 1852, los vecinos solicitaron a Monseñor Anselmo Llorente y Lafuente, I Obispo de San José, la erección de la parroquia, siendo finalmente erigida el 1 de julio de 1853 (Fondos Antiguos, caja 89, folios 17-21).