La parroquia de Alajuelita empieza a funcionar en 1845 como filial de San José y aparentemente se mantuvo así hasta la publicación del primer sínodo diocesano el 25 de noviembre de 1881(capítulo cuarto, párrafo VIII: “Todas las parroquias filiales se erigen por este decreto en parroquias independientes”).

El 6 de enero de 2007, con ocasión de la solemne dedicación de la iglesia y del altar, se estableció que la patrona de la comunidad parroquial fuera la Virgen de los Dolores, permaneciendo como titular del templo el Santo Cristo de Esquipulas.

Por decreto arzobispal de 27 de agosto de 2026, Monseñor José Rafael Quirós modificó la denominación de Parroquia Nuestra Señora de los Dolores a la actual de Parroquia Santuario Santo Cristo de Esquipulas.