El 26 de diciembre de 1881 el obispo Mons. Bernardo Augusto Thiel H., dio el decreto de erección de la Parroquia Nuestra Señora de la Merced.
(libro de bautismos número 1), dividiendo la ciudad de San José en dos parroquias (El Carmen y La Merced), en sustitución de la antigua parroquia o curato de San José.
El Templo fue consagrado por el Sr. Arzobispo Mons. Dr. Carlos H. Rodríguez Quirós el 12 setiembre de 1969.
En 1818 se construyó en San José un oratorio dedicado a Nuestra Señora de El Carmen. Posteriormente, en 1830, se trasladó a su ubicación actual. Esta edificación fue ampliada y reconstruida en las décadas de 1860 y 1870 y fue bendecida el 15 de julio de 1874. Su largo proceso de construcción estuvo a cargo del ingeniero Lesmes Jiménez.
El 26 de diciembre de 1881, el Obispo Mons. Bernardo Augusto Thiel, dio el decreto de erección de las parroquias de Nuestra Señora del Carmen y Nuestra Señora de la Merced, dejando sin efecto la función de parroquia que hasta el momento había asumido el Sagrario (en la Catedral) como Curato de San José. Se nombró como Cura Interino del Carmen, en esa misma fecha, al sacerdote José Cipriano Fuentes.
El 24 de agosto de 1994 fue declarada de interés histórico-arquitectónico.
El 6 de enero de 1909 el Monseñor Juan Gaspar Stork, II Obispo de San José, da el decreto de erección de la Parroquia Nuestra Señora de La Soledad, señalando como fecha de inauguración el 10 de enero de 1909 (libro de Acuerdos N° 8 folio 258 N° 1).
El 6 de enero de 1909 el Sr. Obispo Mons. Juan Gaspar Stork, da el decreto de erección de la Parroquia Nuestra Señora de La Dolorosa, señalando como fecha de inauguración el 10 de enero de 1909.
(libro de Acuerdos N° 8 Folio 259 Asiento 1 ).
El 10 de diciembre de 1940 el Sr. Arzobispo Mons. Víctor Sanabria Martínez da el decreto de erección de la Parroquia Santa Teresita, señalando como fecha de inauguración el 1 enero de 1941.
(libro de Acuerdos Nº 11 folio 38 Nº 48).
El Templo fue consagrado por el Sr. Arzobispo Mons. Víctor Sanabria Martínez el 5 octubre de 1947.
El 1 de febrero de 1946 el Sr. Obispo Mons. Víctor Sanabria Martínez da el decreto de erección de la Coadjutoria Territorial Santísima Trinidad de Barrio México, San José.
(libro de Acuerdos N° 11, folio 174, asiento 2).
El día 12 de diciembre de 1947 Sr. Obispo Mons. Víctor Sanabria Martínez da el decreto de erección de la Parroquia Santísima Trinidad en Barrio México señalando como fecha de inauguración el 14 de diciembre de 1947.
(libro de Acuerdos N° 11, folio 207, asiento 42).
El 17 de febrero de 1954, Mons. Rubén Odio Herrera, III Arzobispo de San José, dio el decreto de erección de la Rectoría Nuestra Señora de Luján (Libro de Acuerdos nº 12, folio 18, nº 81).
El 18 de abril de 1976 Mons. Carlos H. Rodríguez Quirós, IV Arzobispo de San José, elevó Nuestra Señora de Luján a la categoría de Parroquia, disponiendo como fecha de inauguración de la misma el 8 mayo de 1976 (Libro de Acuerdos nº 15, folio 311, nº 69).
Su primer rector y primer párroco fue el presbítero Julio Fonseca Mora, popularmente conocido como Padre Pipo.