Rafael Otón Castro nació en San José el 16 de enero de 1877. Enviado a Roma a la edad de 12 años, se doctoró en Teología, Filosofía y Derecho Canónico y fue ordenado sacerdote el 28 de octubre de 1899.
Regresó a Costa Rica en 1901, siendo nombrado coadjutor de la Parroquia Nuestra Señora de La Merced y en 1902 Párroco de San Juan de Tibás. Entre 1903 y 1904 fue Vicario Capitular de la Arquidiócesis. Desde fines de 1904 hasta el 3 de octubre de 1911 fue Párroco de Cartago y a partir de esta última fecha Canónigo Teologal y Capellán del Colegio Nuestra Señora de Sión. Fue además director del Mensajero del Clero y, durante un breve periodo, Vicario General del Obispo de Granada (Nicaragua), Monseñor José Piñol y Batres.
El 10 de marzo de 1921, Rafael Otón Castro fue nombrado el primer Arzobispo de la recién creada Arquidiócesis de San José, tomando posesión de la sede el 2 de agosto del mismo año. Durante su episcopado, estimuló el culto a la Virgen de los Ángeles y en ese sentido cabe destacar la coronación de la imagen el 26 de abril de 1926 y la celebración del tricentenario del hallazgo de la imagen en 1935; celebró el Tercer Sínodo Diocesano (1924); publicó numerosas cartas pastorales y otros documentos doctrinales; construyó el actual palacio episcopal y concluyó las obras de embellecimiento de la Catedral.
Mons. Castro falleció en San José el 14 de diciembre de 1939.