Morel de Santa Cruz nació en Santiago de los Caballeros (República Dominica) en 1694. Se formó en el seminario de Santo Domingo y se ordenó sacerdote en La Habana (Cuba) en 1718. Fue deán de la Catedral de Santiago de Cuba.

En 1749 fue nombrado obispo de Nicaragua y Costa Rica. Se consagró como tal en 1750 en Cartagena (actual Colombia) e ingresó a su nueva diócesis por Costa Rica, realizando la visita pastoral a la misma a lo largo de 1751. De esta visita envió un detallado informe a Fernando VI, rey de España, en 1752 ("Visita Topográfica, Histórica y Estadística de todos los pueblos de Nicaragua y Costa Rica").

En 1753 fue trasladado de nuevo a Cuba como obispo de Santiago, responsabilidad que ostentó hasta su fallecimiento en 1768.